L'IES JORGE JUAN oferta dos de les tres modalitats de Batxillerat existents, amb totes les opcions possibles per a cadascuna d'elles. Les modalitats que es poden cursar en el nostre Institut són:
El Batxillerat es realitza durant dos cursos acadèmics i cal haver superat l'ESO per a poder cursar-lo. Una vegada finalitzat, es podrà accedir a la Universitat després d'haver aprovat la Prova d'Accés a la Universitat (Selectivitat) o es podrà realitzar un cicle formatiu de grau superior mitjançant l'accés directe. També es pot accedir als graus i estudis superiors dels ensenyaments artístics després d'haver superat la prova corresponent.