El IES JORGE JUAN oferta dos de las tres modalidades de Bachillerato existentes, en todas los opciones posibles para cada una de ellas. Las modalidades que se pueden cursar en nuestro Instituto son:
El Bachillerato se cursa durante dos cursos académicos y es necesario haber superado la ESO para poder cursarlo. Una vez finalizado, se podrá acceder a la Universidad, previa superación de la Prueba de Acceso a la Universidad (Selectividad) o se podrá cursar un ciclo formativo de grado superior mediante acceso directo. También se puede acceder a los grados y estudios superiores de las enseñanzas artísticas, previa superación de la correspondiente prueba.